Se formó en el Conservatorio Municipal de Música Manuel de Falla, de donde egresó en las especialidades de Dirección Coral y Guitarra. Fueron sus maestros Rodolfo van der Meulen y Eduardo Frassón. Realizó estudios en la Facultad de Bellas Artes de la Universidad de La Plata.
Estudió Análisis, Canto y Piano con Enrique Cipolla, Víctor Torres y Diana Schneider, e Interpretación Coral como becario de Carlos López Puccio y María del Carmen Aguilar, en el Camping Musical Bariloche.
Dirigió el Grupo Vocal Mastregal. Desde 1988 dirige el Grupo Vocal de Difusión.
Entre 1993 y 1999 integró el Estudio Coral de Buenos Aires, dirigido por Carlos López Puccio.
En 1994 asistió al Robert Shaw Choral Institute, en la ciudad de Souillac (Francia).
Con el GVD, en 1990, resultó finalista en el certamen Coca-Cola en las artes y las ciencias, y en 1994 obtuvo el Primer Premio en el Concurso Nacional de Coros organizado por la UTN (Universidad Tecnológica Nacional). En 1995 realizó una gira por Francia, Hungría y Alemania, y participó en el Concurso Internacional para Coros de Cámara de Marktoberdorf, donde obtuvo el Premio a la Mejor Interpretación de Música Contemporánea. En 1999 fue invitado por la Federación Internacional de Música Coral a participar del Simposio Internacional de Róterdam (Países Bajos), y por el Centro Internacional para la Música Coral, para realizar conciertos en Bélgica y Francia junto con el GVD.
Fue distinguido con el Premio Konex - Diploma al Mérito 2009: Música Clásica en la disciplina Dirección Coral. En 2019 recibe nuevamente la distinción y el Konex de Platino al mejor director de Coro de la década 2009-2019.
Es director e integrante del grupo de solistas vocales Diapasón Sur, dedicado desde 2003 a la música contemporánea, con el que presentó primeras audiciones en Argentina: Richter (Mario Lorenzo-Esteban Buch), en el CETC y en el Théâtre Paris-Villette, París; Tríptico (Valentín Pelisch-Oscar Del Barco), en el CETC; Cachafaz (Oscar Strasnoy-Copi), en el Teatro San Martín de Buenos Aires; Coro (Luciano Berio) en el Teatro Colón de Buenos Aires; Prometeo (Luigi Nono), en el Teatro Colón de Buenos Aires; Laborintus II (Luciano Berio), en la Usina del Arte de Buenos Aires; y Et lux (Wolfgang Rihm) en el Ciclo de Música Contemporánea del Teatro San Martín.
Desde 2010 se desempeña como director invitado en el Coro Nacional Juvenil del Bicentenario, dependiente del Ministerio de Educación de la Nación, con el que ha realizado giras de conciertos por todo el país; y, desde entonces, aborda también la dirección musical de ensambles y orquestas.
En 2012 y 2014 fue director invitado en el Coro Polifónico Nacional.
En 2018 ganó por concurso el cargo de director del Coro Polifónico Provincial de Santa Fe.
Con el GVD, desde 1988, estrena obras corales en conciertos, en particular de compositores argentinos, como así también de compositores contemporáneos de todo el mundo; presentándose en las salas de concierto más significativas del país, como el Teatro Colón, el Centro Cultural Kirchner, el Teatro San Martín de Buenos Aires, el Teatro Coliseo, la Usina del Arte de Buenos Aires, el Auditorio Juan Victoria de San Juan y el Auditorio de Belgrano, entre otras.
Frecuentemente aborda obras de compositores de los siglos XX y XXI, como Arnold Schönberg, Morton Feldman, Iannis Xenakis, Luciano Berio, Krzysztof Penderecki, Robert Heppener, Jaakko Mäntyjärvi, Francis Poulenc, Zane Randall Stroope, Samuel Barber, Morten Lauridsen, Eduardo Malachevsky, Einojuhani Rautavaara, Paweł Łukaszewski, Vytautas Miškinis, Knut Nystedt, Arvo Pärt, Veljo Tormis, Pedro Chemes.
Asimismo, con el GVD lleva a cabo, desde hace más de treinta años, su ciclo de conciertos en la Parroquia San Ildefonso, lo que resulta un encuentro de culto entre el grupo y los seguidores de su particular estética.
Desde 2003, Mariano Moruja aborda también la dirección de ensambles instrumentales y orquestas, destacándose:
2003-2013: Rothko Chapel, de Morton Feldman, en el Teatro San Martín, con Garth Knox y el GVD.
2012: Misa, de Igor Stravinsky, en la Usina del Arte, con el GVD y doble quinteto de vientos.
2014: Gloria, de Vivaldi, y Misa Berlinesa, de Arvo Pärt, en el Teatro Colón, con el GVD y la Orquesta Oratorio Concertante.
2014: Requiem, de Gabriel Fauré, en la Usina del Arte de Buenos Aires, con el GVD, el Coro de Cámara Zahir, el Grupo Vocal Meridión y la Orquesta Académica del Teatro Colón de Buenos Aires.
2015: Concierto para órgano, cuerdas y timbales, de Francis Poulenc, en la Sala Sinfónica del Centro Cultural Kirchner, como parte de los conciertos de inauguración del órgano de dicha sala, con Diego Innocenzi en órgano y la Orquesta Oratorio Concertante.
2019: Obras para cuerdas y percusión de Beat Furrer y George Haas, en el marco de la programación del Colón Contemporáneo, en el Teatro Colón, con Tambor Fantasma y ensamble de cuerdas.
2019: Requiem, de Gabriel Fauré, con el Coro Polifónico Provincial de Santa Fe y la Orquesta Sinfónica Provincial de Santa Fe.
2019: Novena Sinfonía, de Ludwig van Beethoven, con la Orquesta y el Coro Estable de la Provincia de Tucumán, en el Teatro San Martín.
2019: Segunda Sinfonía, de Felix Mendelshonn (Lobgesang), con el Coro Polifónico Provincial de Santa Fe y la Orquesta Sinfónica Provincial de Santa Fe.
2023: Segunda Sinfonía, de Vasili Kalinnikov, Canciones de Rückert, de Gustav Mahler, e Interludio, de Pablo Llamazares, con la Orquesta Sinfónica Provincial de Santa Fe.
Fue profesor durante más de treinta años en el Conservatorio Superior Manuel de Falla y en la Escuela de Arte Dramático del Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires, en la que creó y dirigió el Seminario de Teatro Musical. Además, se desempeña como Profesor Titular de Dirección Coral en la Facultad de Bellas Artes de la Universidad Nacional de La Plata. Realiza con frecuencia talleres y cursos de capacitación en dirección coral e interpretación, tanto para el Ministerio de Educación de la Nación como para diversas entidades.
En relación con el lenguaje teatral, ha gestado y dirigido espectáculos resaltando el valor de la música como elemento conductor de la puesta en escena (entre otros, Entropía, programado en la Primera Bienal de Arte Joven de Buenos Aires, 1991, y Octeto de Cuerdos - La hora feliz, programado en el Festival Internacional de Teatro de Buenos Aires 2000-2003).
En 2015 escribió y dirigió Ensayo para una renuncia, espectáculo teatral que ha obtenido los siguientes premios: Mejor Director, Mejor Actor, Mejor Obra, todos en el Primer Festival de Teatro de Cámara de General Belgrano, y Mención Mejor Labor Protagónica Masculina, en la Fiesta Provincial de Teatro de Río Negro.